Ocupan el coro setenta sitiales, de estilo clásico, en cuyos respaldos aparecen escenas imaginarias de las cruzadas, en relieve. Es obra de Ramón Lapayese.

Entre el coro y el altar mayor está la tumba en que fue enterrado Francisco Franco.

Al lado izquierdo, una estatua de San Benito fundador en el siglo V de la Orden Benedictina, la que cuida del culto en la Basílica; junto a él, relieves de monjes benedictinos.

Al lado derecho una estatua de San Francisco, patrono de Franco, y relieves de frailes franciscanos.

Encima de la madera de los respaldos, doce estatuitas de Santos Doctores, en madera; casi todas con un libro en la mano. Según confesión del artista, se  hicieron más estatuitas, que no se llegaron a colocar.

La puerta del fondo comunica con el túnel que rodea al coro y que va a salir a las capillas del Santísimo y del Cristo yacente. Avanzando de frente, se entra en el ascensor que sube al plano del monasterio. Junto al ascensor, una escalera de 300 peldaños.